68 летний Сарутоби стал Хокаге во второй раз. Когда-то он отошел от дел для того, чтобы Четвертый смог стать лидером Скрытого Листа, однако когда тот пожертвовал жизнью чтобы защитить деревню, Третий снова встал во главе деревни. Он был инструктором саннинов – самой сильной команды ниндзя той эпохи. Однако со временем тройка его учеников покинула деревню и их пути разошлись. Считается, что Сарутоби был первым, применившим испытание с колокольчиками (такое же едва не завалила команда Наруто). Жители деревни уважают Третьего за его доброту и внутреннюю силу – благодаря его мудрости и лидерским способностям процветает Коноха. Сарутоби изучил все дзюцу, изобретенные в Конохе и стал известен в мире как «Профессор».

К сожалению во время Экзамена в котором участвовала и команда Наруто вернулся один из старых учеников Третьего – легендарный саннин Орочимару. Объединив силы своей вновь созданной деревни Звука с силами деревни Песка Орочимару едва не уничтожил Коноху. Во время боя с Сарутоби саннин призвал с помощью запретной техники двух предыдущих Хокаге – Первого и Второго и едва не призвал Четвертого. В итоге Сарутоби погиб, забрав с собой вызванных предшественников и запечатал руки Орочимару, лишив того способности использовать дзюцу. Когда-то давно Третий пытался остановить бесчеловечные эксперименты Орочимару. Но как Профессор не смог убить своего любимого ученика в тот день, так не сумел и в этот раз. Пожертвовав жизнью, Третий остановил саннина и спас деревню так же, как и четвертый много лет назад.

Внук Сарутоби – Конохомару также мечтает стать однажды Хокаге и, возможно, джонин Сарутоби Азума является сыном Третьего